附属自然教育園は東京都心にありながら自然状態の常緑広葉樹林が残された施設です。20ヘクタールの園内では1080種の植物、2100種の昆虫、130種の鳥類が記録されています。ここには、生態学を専門とする研究者が配属され、自然教育園内外で野外調査を中心とする研究活動が行われています。

自然教育園内では、定期的な毎木調査、移入植物や生物季節の調査が行われています。希少動物の生息状況については長年の調査データを蓄積しています。都市緑地における蝶類群集の研究やキツツキの一種コゲラの生態研究では、周辺の他の緑地をも対象としています。これらの研究は、都市緑地に生息する生物種の変化とその機構を明らかにするもので保全生物学的にも意義深いものです。また、調査の際に得られたDNA試料は分子生物多様性研究資料センターに提供しています。

自然教育園外では、外部資金を得て三宅島とオーストラリアで鳥類の行動進化の研究を行っているほか、種々の研究プロジェクトにも参加し、フィリピン・琉球列島をフィールドに鳥類個体群の成立・維持機構の研究を行っています。これらの研究では、生態の進化を分子系統とともに明らかにすべく、動物研究部との連携を図っています。